當地時間1月13日，菲律賓港務局(PPA)宣布，為防止新冠病毒變種在菲傳播，將巴基斯坦、牙買加、盧森堡、阿曼和中國等5國加入禁止在菲律賓任何港口更換船員的名單。至此，列入該名單的國家和地區達到33個。

2020年12月23日以來，配合菲律賓總統杜特爾特宣布的臨時旅行禁令，PPA已陸續宣布，從2021年1月1日到15日，來自英國、丹麥、愛爾蘭、日本、澳大利亞、以色列、荷蘭、香港特別行政區、瑞士、法國、德國、冰島、意大利、黎巴嫩、新加坡、瑞典、韓國、南非、加拿大、西班牙、美國、葡萄牙、芬蘭、挪威、約旦、巴西、印度和奧地利的船只，不允許在該國的馬尼拉南港、巴丹的Capinpin港、八打雁港、達沃的Sasa碼頭、宿務港和蘇比克港等6個主要樞紐港口的船員更換中心，進行任何形式的船員更換活動。原因是上述國家和地區出現了新冠病毒變種病例。

船員更換中心是港口設施，提供一站式服務，便于船員快速登船、下船等和更換船員，同時為防止新冠病毒傳播，可在其中執行政府的健康和安全規定。

根據臨時禁令，所服務船舶如14天內停靠上述名單國家和地區港口，外籍海員將被禁止入境，菲籍海員雖允許入境，但將接受14天的絕對隔離觀察。菲律賓及外國海員如在上述名單國家和地區港口停靠14天后抵達菲律賓，均可獲準入境，但需要遵守該國防疫規定。

12日，菲外交部聲明，臨時旅行禁令原定1月15日結束，但隨著疫情的發展，不排除菲新發傳染病管理機構間工作隊會延長禁令執行時間。

13日，菲律賓衛生部(DOH)和菲律賓基因組中心(PGC)聯合發布消息，一名從阿拉伯聯合酋長國入境的菲律賓男性新冠病毒變種(SARS-CoV-2variant)檢測結果為陽性，這是菲律賓發現的首例新冠病毒變種入境患者。