由于新型冠狀病毒疫情持續擴散升級，臺灣當局暫停海峽兩岸大、小三通客運船舶往來，此舉影響了8家臺灣航運公司總計9艘船。
據臺灣《聯合晚報》報道，臺“中央流行疫情指揮中心”宣布6日起國際游輪不得靠泊臺灣港口后，島內海運僅剩兩岸海運。自2月10日起暫停兩岸大、小三通的客運船舶往來。其中，經營小三通的公司共有7家，包括金門的大榮海運、金安航運、金廈海運、坤龍航運，馬祖的大和航業、長億海運和南北海運。經營大三通的只有福建海峽高速客滾航運公司與臺灣東聯航運聯合運營的客滾船“麗娜”輪。目前，兩岸海運僅剩貨運直航及小三通貨船未受影響。
三通指兩岸之間通郵、通商與通航，但該名詞多被用在兩岸客運。小三通是指2001年金門、馬祖、澎湖與大陸沿海的客運直航。島內統計顯示，目前大三通由“中遠之星”等3家公司經營5條航線，以去年12月來說，每周往返22個航班，每周載客量約1250人，去年12月總載客量約5000人。小三通共有4條航線，今年1月正常航班約為每天52班，日載客約4000人，每周約364航班，停航后取消所有航班，估計每月影響約12萬人。因此，相關企業配合疫情需要暫時停航后，除了營業損失之外，還需要支付船舶貸款以及員工薪資，亟需臺灣地區政府伸出援手。